La fusione per incorporazione di una società semplice in una fondazione iscritta al RUNTS può avvenire senza tassazione immediata delle plusvalenze, fuori campo IVA e con imposte di registro, ipotecaria e catastale in misura fissa. Il risultato, però, non è automatico.

La risposta a interpello dell’Agenzia delle Entrate n. 171 dell’11 settembre 2026 valorizza soprattutto la natura dei soggetti coinvolti, l’attività concretamente esercitata e la destinazione dei beni trasferiti. Il chiarimento riguarda un caso specifico e non deve essere applicato indistintamente a ogni fusione tra società semplice ed ente del Terzo settore.

Il caso esaminato dall’Agenzia delle Entrate

La vicenda riguarda una fondazione ETS che aveva acquisito il controllo di una società semplice proprietaria di una tenuta agricola di valore paesaggistico e culturale. La società semplice aveva progressivamente concesso in affitto l’intera azienda agricola, cessando l’esercizio diretto dell’attività.

La successiva fusione per incorporazione ha trasferito alla fondazione gli immobili e il patrimonio della società semplice, con l’obiettivo di impiegarli per le finalità istituzionali di tutela e valorizzazione perseguite dall’ente.

Neutralità fiscale: perché conta la destinazione dei beni

Gli articoli 172 e 174 del TUIR disciplinano la neutralità delle fusioni e la relativa estensione alle operazioni che coinvolgono enti diversi dalle società, nei limiti di compatibilità. La verifica diventa più complessa quando partecipano soggetti che non producono ordinariamente reddito d’impresa, come una società semplice o un ente non commerciale.

Secondo la risposta n. 171/2026, bisogna osservare la destinazione concreta del patrimonio dopo l’operazione:

• se i beni confluiscono nella sfera istituzionale e non commerciale dell’ETS, l’operazione può non generare plusvalenze imponibili;
• se vengono destinati a un’attività commerciale dell’incorporante, occorre valutare la possibile rilevanza fiscale ai sensi degli articoli 67 e 68 del TUIR;
• la continuità dei valori fiscali deve essere ricostruita e documentata.

Nel caso esaminato, i beni sono rimasti destinati alle finalità istituzionali della fondazione e l’azienda agricola ha continuato a essere utilizzata dall’affittuario. Su questi presupposti l’Agenzia non ha rilevato plusvalenze imponibili immediate.

Quando la fusione è fuori campo IVA

La società semplice è soggetto passivo IVA quando esercita un’attività agricola o commerciale rilevante ai fini dell’imposta. Nel caso analizzato, al momento della fusione la società aveva già affittato l’intera azienda, non svolgeva più direttamente l’attività agricola e aveva trattato i canoni fuori dal campo dell’imposta.

L’Agenzia ha quindi ritenuto assente il presupposto soggettivo IVA. La conclusione dipende dalla situazione effettiva della società incorporata: la semplice presenza di terreni o fabbricati agricoli non è sufficiente per replicare il medesimo trattamento.

Registro, ipotecaria e catastale in misura fissa

L’articolo 82, comma 3, del Codice del Terzo settore prevede l’applicazione in misura fissa delle imposte di registro, ipotecaria e catastale per determinate operazioni, comprese fusioni, scissioni e trasformazioni poste in essere dagli ETS.

Nella fattispecie esaminata, la presenza di una società semplice tra i soggetti coinvolti non ha impedito l’agevolazione: la fusione era realizzata dalla fondazione iscritta al RUNTS, che manteneva la qualifica di ETS anche dopo l’incorporazione.

Il trattamento in misura fissa non elimina la necessità di qualificare correttamente l’atto, verificare la situazione catastale e ipotecaria e coordinare il progetto con il notaio.

Verifica orientativa della fusione società semplice–ETS

I controlli da effettuare prima dell’operazione

• qualifica e permanenza dell’incorporante nel RUNTS;
• statuto e finalità istituzionali della fondazione o dell’ente;
• attività effettivamente esercitata dalla società semplice alla data della fusione;
• posizione IVA e trattamento precedente dei canoni o dei ricavi;
• natura e provenienza fiscale di immobili, terreni, azienda e partecipazioni;
• destinazione dei beni nella sfera commerciale o non commerciale dell’ETS;
• continuità e documentazione dei valori fiscali;
• presenza di contratti di affitto, vincoli, ipoteche o autorizzazioni;
• coerenza dell’operazione con le finalità statutarie e con l’interesse dell’ente;
• applicabilità delle imposte indirette in misura fissa.

Perché non basta copiare il caso dell’interpello

Le risposte a interpello producono effetti diretti nei confronti del contribuente che le ha richieste e sulla base dei fatti rappresentati. Per utilizzare il chiarimento come riferimento interpretativo in un’altra operazione occorre confrontare puntualmente i presupposti.

Possono cambiare il risultato, ad esempio, l’esercizio di un’attività commerciale, l’utilizzo diretto dei beni, la loro provenienza fiscale, la presenza di plusvalenze latenti o la successiva destinazione commerciale da parte dell’ETS.

Un progetto fiscale, patrimoniale e societario unitario

Una fusione di questo tipo richiede il coordinamento tra analisi fiscale, situazione patrimoniale, contabilità, progetto di fusione e atto notarile. La ricostruzione dei valori e della destinazione dei beni deve avvenire prima della delibera, non soltanto in sede dichiarativa.

Per la verifica amministrativa dell’ente è disponibile anche la guida sui controlli RUNTS 2026 e sui documenti da preparare.

Fiscoimprese può affiancare enti e società nella progettazione delle operazioni societarie, nelle verifiche fiscali e tributarie e nella ricostruzione dei valori patrimoniali. Puoi richiedere una prima valutazione gratuita della fattispecie.

Domande frequenti

Ogni fusione tra società semplice ed ETS è fiscalmente neutrale?

No. La risposta n. 171/2026 riguarda un caso specifico. Sono determinanti l’attività dei soggetti, la natura dei beni e la loro destinazione dopo l’operazione.

Quando possono emergere plusvalenze imponibili?

Il rischio deve essere approfondito, in particolare, quando i beni confluiscono nella sfera commerciale dell’ente incorporante o quando i presupposti differiscono da quelli esaminati nell’interpello.

La fusione è sempre esclusa dall’IVA?

No. Nel caso analizzato assume rilievo il fatto che la società semplice non esercitasse più direttamente l’attività agricola e fosse priva del presupposto soggettivo IVA al momento dell’operazione.

Le imposte ipotecaria e catastale sono sempre fisse?

L’agevolazione dell’articolo 82, comma 3, richiede che l’operazione sia riconducibile alla disciplina degli ETS. Occorre verificare qualifica dell’ente, struttura dell’atto e permanenza nel RUNTS.

Serve una perizia dei beni?

La necessità formale dipende dall’operazione e dagli atti da predisporre. Una ricostruzione tecnica e documentata dei valori patrimoniali e fiscali è comunque essenziale per valutare conseguenze, continuità e rischi.

Articolo informativo aggiornato al 12 settembre 2026. Il contenuto non costituisce un parere applicabile automaticamente a operazioni diverse da quella esaminata dall’Agenzia delle Entrate.